市信訪局設下列內設機構：
（一）辦公室。負責機關日常運轉，承擔調研、信息、宣傳、安全、機要、保密、財務管理、政務公開等工作；負責綜合性文稿的起草；負責全市信訪工作的綜合協調指導；總結推廣信訪工作的經驗，提出改進和加強信訪工作的意見和建議；綜合分析研判信訪形勢，提出指導意見；協調信訪工作對外交流；按照《信訪工作條例》和《江蘇省信訪條例》規定，對有關單位及信訪干部、信訪群眾提出獎勵或處罰的建議；開展信訪干部培訓，加強信訪隊伍建設；負責機關的黨群工作；負責機關干部人事、機構編制、勞動工資、退休干部等工作。
（二）來信辦理科。負責群眾來信、網上信訪事項辦理工作；負責12345熱線交辦的信訪事項辦理工作；辦理“市長信箱”來信；辦理上級機關轉送、交辦、督辦的群眾來信事項；負責重要來信信息的匯總、分析、反映和情況通報；轉送、交辦、督辦重要來信事項；承擔人民建議征集工作，篩選重要建議報送領導閱批；指導檢查全市網上信訪事項辦理工作；負責機關信息化建設，指導全市信訪信息化建設。
（三）來訪接待科。負責接待市內外群眾來訪；辦理上級機關轉送、交辦、督辦和市領導批辦的群眾來訪事項；協調處理群眾來市集體上訪和重大、異常來訪突發事件；及時反映群眾來訪中的重要情況，匯總上報各地集體上訪的動態；負責群眾上訪信息的匯總、分析和情況通報，研判信訪穩定形勢；配合公安機關等部門處理群眾信訪活動中的違法行為；轉送、交辦、督辦重要來訪事項；組織協調駐京、駐寧信訪保障相關工作，負責我市進京去省上訪群眾的接待、勸返工作；指導檢查全市群眾來訪接待工作。
（四）查辦督辦科。負責辦理上級機關交辦和市領導批示的重要信訪事項；負責辦理人大、政協交辦的有關議案、提案；負責對進京去省上訪事項、非接待場所上訪事項和重點信訪案件的交辦和督辦；擬定信訪督查制度并組織實施；承辦上級信訪工作聯席會議辦公室交辦的有關工作，承擔市信訪工作聯席會議辦公室的日常工作；組織或參與跨地區、跨部門、跨行業的重大疑難信訪案件協調辦理工作；負責擬定信訪問題排查化解制度并組織實施，指導全市信訪矛盾化解工作；提出對相關部門改進工作、完善政策、給予處分和違反信訪工作紀律實施責任追究的建議；協調處置全市群體性矛盾、群眾進京集體上訪和到非接待場所上訪，配合處理在京信訪異常、突發事件，及時報告群眾進京上訪的重要情況；組織信訪工作考核。
（五）政策法規科。負責辦理申請市政府復查的信訪事項；起草、修改本市有關信訪工作的政策制度；負責信訪法治化建設相關工作；承辦相關行政復議、行政應訴及接受信訪政策法規咨詢、答復等工作；指導檢查全市信訪事項復查工作。