辦公室（黨委辦公室）
承擔擬訂本單位綜合工作制度、年度工作計劃；組織起草和審核重要文稿；承擔公文處理、會務管理、信息調研、檔案管理、機要保密、來信來訪、值班值守、國家安全等工作；組織實施政務公開、政府信息公開、稅收宣傳和涉稅輿情管理工作；組織實施督查督辦工作；組織辦理人大代表議案、建議和政協委員提案；承擔后勤事務的管理、保障和服務工作，承擔擬訂機關事務具體工作制度并組織實施和監督檢查；參與機關后勤體制改革工作；承擔機關的安全保衛工作；承擔貫徹落實績效管理和數字人事工作發展規劃、制度規范，擬定具體實施辦法；分解落實上級下達的考評指標，擬訂本單位年度績效計劃及考評指標，組織實施績效考評工作。承辦黨委文件、會議、督辦等有關日常綜合性事務。
法制股
承擔組織實施依法行政工作；承擔涉及多個稅種、社會保險費和有關非稅收入綜合性政策文件會辦、起草和落實工作；承擔規范性文件合法性審查、合規性評估、備案審查、清理等工作；承擔重大執法決定法制審核工作；組織協調重大稅收案件審理；組織辦理行政復議、行政訴訟等事項；組織辦理涉稅反補貼案件應對工作；承擔公職律師和法律顧問相關工作；承擔本單位內部控制工作的組織、管理和監督；組織實施稅收執法督察，開展對社會保險費和有關非稅收入法律、法規、規章及規范性文件執行情況的監督檢查；組織實施預算執行、基本建設、政府采購等內部財務審計；組織實施本單位稅收執法責任制工作；督促落實督察審計發現問題的整改工作；協調配合外部監督和上級監督，統籌協調內部監督檢查工作。
稅政一股
承擔增值稅、消費稅、車輛購置稅和進出口稅收等管理工作。
稅政二股
承擔企業所得稅、國際稅收管理工作。
稅政三股
承擔個人所得稅管理工作。
稅政四股
承擔房產稅、城鎮土地使用稅、土地增值稅、契稅、城市維護建設稅、印花稅、資源稅、環境保護稅、車船稅、耕地占用稅和煙葉稅等管理工作。
社會保險費和非稅收入股
承擔組織實施基本養老保險費、基本醫療保險費、失業保險費、工傷保險費、生育保險費等社會保險費和文化事業建設費、廢棄電器電子產品處理基金、教育費附加和地方教育附加、殘疾人保障金等有關非稅收入的征收管理以及工會經費代收工作；研究制定具體實施辦法；指導社會保險費和有關非稅收入的日常征管、日常檢查工作；參與有關社會保險費和有關非稅收入征收的政策輔導、咨詢服務、法律救濟等工作。
收入核算股
承擔研究擬訂本單位稅收、社會保險費和有關非稅收入中長期規劃，參與擬訂稅收、社會保險費和有關非稅收入預算目標并依法組織實施；承擔擬訂出口退（免）稅年度安排，組織落實免抵調庫年度安排；承擔統籌協調組織收入工作，開展收入預測分析、預警分析和收入質量管理；承擔重點稅源監控、企業稅收資料調查工作；組織落實會統核算、繳庫退庫、票證管理等制度，實施會計監督；承擔貫徹落實稅收經濟分析工作制度，擬訂具體實施辦法；參與建立并落實稅收經濟分析指標體系；運用稅收數據對本地區經濟運行情況開展動態監控分析；開展國家和地區重大經濟發展戰略實施情況專題分析和本地區與國外、國內同類型地區的比較分析；組織開展稅收政策效應分析，跟蹤評估減免稅等政策實施效果；承擔本單位稅收經濟分析工作。承擔貫徹落實本單位預決算管理、基建管理、會計核算管理、財務內控管理和政府采購、資產管理等規章、制度，擬訂具體實施辦法；審核匯編部門預算、決算，組織實施部門決算執行和公開工作；組織實施會計核算、會計基礎規范工作；組織實施國庫集中收付工作，辦理具體收付事項；擬訂年度采購計劃，辦理具體采購事項；承擔資產管理工作；承擔稅務著裝管理工作；組織實施基建項目管理。
征收管理股
承擔組織落實綜合性稅收征管法律、法規、規章及規范性文件，擬訂具體操作辦法；統籌管理面向納稅人的各類征管措施；組織實施稅務登記、申報納稅、欠稅（費）、普通發票、個體工商戶等征管工作；承擔征管質量監控評價；承擔組織落實信息化規劃、方案和制度，實施本單位信息化建設、考核評價和驗收工作；承擔稅務行業標準和業務需求管理；承擔各類稅收征管信息系統業務維護工作，承擔信息化立項和預算管理。
稅收風險管理股
承擔數據管理和風險管理的目標規劃、制度規定的實施工作；承擔上級局下發風險應對任務的整合和推送；承擔本單位稅費風險模型構建、分析識別、任務推送、監控評價、結果反饋等工作；承擔各類稅收數據、社會保險費和有關非稅收入數據的采集、集中存儲、加工處理、質量控制、分析應用、共享交換及稅務云平臺管理等事項；承擔組織、協調、指導、考核本單位稅收數據和風險管理工作。
組織人事股
承擔組織落實干部人事制度及稅務人才隊伍建設規劃，擬訂具體實施方案；承擔人事、機構編制、公務員管理、干部考核等工作；承擔工資、人事檔案、專業技術職務管理等工作；辦理因公出國（境）政審和因私出國（境）管理事項；承擔擬訂并組織實施干部培訓、學歷教育管理制度、工作規劃、年度計劃；組織開展培訓質量考核與評估；承辦教育培訓項目的開發與管理；承擔教育培訓經費管理工作；承擔老干部的服務和管理工作。承擔黨的組織建設、黨員隊伍建設等工作。
機關黨委（黨建工作股）
組織實施機關黨建和黨風廉政建設工作；統籌承擔機關黨員教育、管理、監督和服務工作；組織開展機關思想政治工作和精神文明建設；承擔機關統戰工作；協調機關工會、共青團、婦委會開展機關群團工作。
根據有關規定，設置黨委紀檢組，名稱為“中共國家稅務總局啟東市稅務局委員會紀律檢查組”。承擔機關和派出機構黨的紀律檢查工作。