根據部門職責，啟東市市場監督管理局設16個內設機構。
（一）辦公室。負責機關日常運轉，承擔政務信息、安全、保密、檔案、信訪、政務公開、公文處理、會議會務、后勤保障等工作；承擔綜合性文件、文稿的起草工作；擬訂并協調和督促機關工作制度的落實；負責上級部門部署的重點工作任務和市局重大事項的考核、督查督辦；負責國有資產管理工作；組織協調市場監督管理方面事故的應急處置和調查處理工作；擬訂市場監督管理信息公布制度，承擔新聞宣傳、新聞發布管理工作；協調組織重大宣傳活動；負責網站、新媒體發布信息的監督管理工作；組織開展與新聞媒體的交流與合作；承擔協調推進市場監督管理方面深化改革工作；組織開展相關政策研究和綜合分析；擬訂市場監督管理中長期規劃并組織實施；承擔并指導市場監督管理統計工作；擬訂實施相關科技發展規劃，提出質量基礎設施等重大科技需求，承擔相關科研攻關、技術引進、成果應用工作；負責所屬事業單位技術能力建設；組織指導全市市場監督管理系統基本建設和裝備配備工作；組織指導全系統網絡安全、數據應用及信息化建設工作；擬訂并組織實施數據標準和管理辦法；組織協調相關信息化項目實施工作。
（二）人事教育科。負責黨建工作；負責機關及所屬事業單位的干部人事、機構編制、教育培訓、考核獎懲等工作；負責機關及所屬事業單位的外事工作，承擔市場監督管理對外交流與合作工作；組織全市市場監督管理專業技術資格評審工作；組織全系統人才隊伍建設工作；負責離退休干部工作。
（三）法規科（執法監督科）。承擔市場監督管理規范性文件的合法性審查、備案和清理工作；組織開展市場監督管理行政執法監督工作；承擔行政處罰案件的審核、聽證工作；承擔或參與有關行政復議、行政應訴和行政賠償工作；負責行政執法人員資質管理工作；組織開展有關法治宣傳教育工作；承擔指導執法人員隊伍規范化建設，組織開展業務能力提升和文明規范執法培訓，負責本行業、本系統行政執法的監督管理工作等職責。
（四）財務科。負責全系統預決算、績效管理、會計及內部控制、財務管理，以及各類資金、專用基金管理工作；指導、監督所屬事業單位的財務工作；承擔對所屬事業單位的相關審計工作。
（五）信用與風險監督管理科（小微企業個體工商戶專業市場黨建工作辦公室、登記注冊指導科、行政服務科）。擬訂全市市場主體信用監督管理制度和措施；負責市市場監管信息平臺的建設管理和國家企業信用信息公示系統（南通）的維護管理工作；組織指導市場主體信用分類管理和信息公示工作；負責建立經營異常名錄和“黑名單”；承擔市場主體監督管理信息和公示信息歸集共享、聯合懲戒的協調聯系工作；負責全市無照生產經營和相關無證生產經營行為查處的業務指導；統籌協調市場監督管理方面的誠信體系建設和風險監測研判、風險分類、風險預警、風險交流等工作；組織指導全市“雙隨機、一公開”監管工作；擬訂并指導實施全市市場主體統一登記注冊和營業執照核發的具體辦法、措施；指導全市市場監督管理方面的行政許可；指導全市登記注冊全程電子化工作；負責全市登記注冊信息的分析公開工作；組織指導全市市場主體登記注冊行為的監督檢查工作；調查研究私營企業、個體私營經濟發展與管理情況；承擔建立完善小微企業名錄的相關工作；在市委組織部指導下，指導全市各地市場監督管理部門配合黨委組織部門開展小微企業、個體工商戶、專業市場的黨建工作；負責與市行政審批局行政許可信息交換的協調聯系工作；負責向市行政審批局反饋相關行政執法結果工作；負責統籌協調事中事后監管與執法稽查的聯動配合；負責事中事后監管事項的牽頭、匯總和評價工作；外商投資企業登記注冊。
（六）綜合監管科。擬訂有關價格收費監督檢查、反不正當競爭的辦法和措施；負責依法監督價格收費行為，組織實施商品價格、服務價格以及國家機關、事業單位行政事業性收費的監督檢查工作；指導全市價格監督管理工作；承擔監督管理直銷企業、直銷員及其直銷活動和打擊傳銷工作；擬訂并組織實施網絡商品交易及有關服務行為監督管理的辦法和措施；組織指導協調網絡交易監督管理；負責全市網絡市場執法工作的業務指導；組織指導網絡交易平臺和網絡經營主體規范管理工作；組織指導實施網絡交易行為監測工作；組織協調跨部門、跨區域網絡交易監管協作；組織指導網絡交易監管平臺建設應用工作；依法組織實施合同、拍賣行為監督管理，組織開展企業合同履約信用記錄公示活動；擬訂并組織實施全市廣告業發展規劃、政策，指導廣告業發展工作；擬訂實施全市廣告監督管理工作制度措施，組織開展廣告經營活動監督檢查；負責全市廣告執法工作的業務指導；組織指導廣告監測工作；指導促進公益廣告發展工作；指導廣告審查機構和廣告行業組織工作；指導消費環境建設工作；組織實施公平競爭審查制度，組織指導全市開展公平競爭審查。
（七）質量監督管理科。擬訂并組織實施質量強市建設的政策措施；承擔統籌質量基礎設施協同服務及應用工作；組織實施質量激勵制度措施；組織推進品牌發展戰略；指導應用并推廣先進質量管理方法；制定落實產品和服務質量提升、產品質量安全事故強制報告、缺陷產品召回等制度；組織缺陷產品召回技術機構開展產品缺陷調查及相關技術工作；組織開展質量督察工作；承擔重大工程設備質量監理和產品防偽工作；組織開展服務質量監督監測和質量事故調查工作；承擔市質量強市辦公室的日常工作；組織開展放心消費創建活動；擬訂全市生產和流通領域（含市場實體店、電商平臺、電視購物平臺等）重點監督產品目錄，制定并組織實施全市生產和流通領域產品質量監督計劃；承擔產品質量市級監督抽查、風險監控、分類監管工作，組織指導產品質量監督抽查后處理工作；指導和協調產品質量的行業、地方和專業性監督；組織開展工業產品生產許可企業監督檢查；負責協調實施纖維制品質量監督工作；擬訂實施全市認證、檢驗檢測發展規劃和制度措施；組織實施全市強制性和自愿性產品、管理體系、服務認證體系建設；指導推進全市檢驗檢測體系建設和行業發展，推動檢驗檢測機構能力建設；負責全市認證市場和認證活動、檢驗檢測市場和檢驗檢測活動的監督管理工作；指導促進全市認證行業發展；組織建立認可與檢驗檢測資源社會共享機制，組織參與認可與檢驗檢測國際或區域性技術活動；按照市委市政府部署，負責高端紡織產業推進；承擔法律法規規定由市場監督管理部門負責的工業產品、檢驗檢測機構等行政審批事項；負責協調行政審批事項的檢驗、檢測相關工作。
（八）食品安全協調科。統籌指導全市食品安全工作；擬訂并組織實施全市推進食品安全戰略的重大政策措施和規劃；統籌協調食品安全全過程監管中的重大問題；負責食品安全統計工作，分析預測食品安全總體狀況；組織食品安全重大事故調查；統一發布重大食品安全信息；指導鎮（園區、街道）食品安全綜合協調機構開展具體工作；做好食品安全重大整治行動的組織實施和相關信息匯總、上報等工作；開展食品安全考核督查工作；承擔市食品安全委員會辦公室日常工作。
（九）食品安全監督管理科。分析掌握市場監管領域食品安全形勢；擬訂并組織實施食品生產加工、食品流通、餐飲服務市場銷售食用農產品及特殊食品生產經營的監督管理和食品生產經營者落實主體責任的制度措施；組織開展食品生產加工、食品流通、餐飲服務、市場銷售食用農產品及特殊食品生產經營者的監督檢查；組織食鹽生產經營質量安全監督管理工作；指導企業建立健全食品安全可追溯系統；組織實施餐飲質量安全提升行動；指導重大活動食品安全保障工作；承擔國家、省、南通市食品安全抽檢監測管理事項；擬訂并組織實施全市食品安全監督抽檢計劃，定期發布相關信息；指導不合格食品核查、處置、召回工作；組織協調開展食品安全評價性抽檢、風險監測、隱患排查和預警交流工作；按照市委市政府部署，負責高端食品產業推進；承擔法律法規規定由市場監督管理部門負責的食品經營行政審批事項；負責協調行政審批事項的檢驗、檢測相關工作。
（十）藥械監督管理科（化妝品監督管理科）。依職責監督實施藥品和醫療器械經營使用質量管理規范、分類管理制度，負責對藥品零售使用、醫療器械經營使用、化妝品經營環節開展監督管理和業務指導，以及質量問題處置和風險防控工作；負責全市藥品零售使用環節、醫療器械經營使用環節、化妝品經營環節執法工作的業務指導；按照市委市政府部署，負責生物醫藥產業推進。
（十一）特種設備安全監察科。依法組織對特種設備的安裝、維修、經營、使用、檢驗、檢測等環節進行監督檢查；負責監督檢查高能耗特種設備節能標準、鍋爐環境保護標準的執行情況，按規定報告特種設備事故，配合特種設備事故的調查處理負責全市特種設備安全執法工作的業務指導；承擔特種設備檢驗檢測機構和檢驗檢測人員、作業人員監督管理工作；負責特種設備許可事項的審批。
（十二）標準計量科。推行法定計量單位；負責規劃建立社會公用計量標準；組織制定實施地方計量技術規范；承擔計量標準、計量標準物質和計量器具的管理工作，組織量值傳遞溯源和計量比對工作；承擔商品量、市場計量行為、計量仲裁檢定和計量技術機構及計量人員的監督管理工作；規范計量數據使用；負責全市計量執法工作的業務指導；擬訂實施全市標準化戰略和發展規劃；負責協調各部門、各行業共同推進標準化工作；負責對標準的制定、實施進行監督；指導企業標準化工作，承擔標準化試點示范工作，負責管理團體標準工作；組織開展標準化國際合作，負責管理標準化技術組織；指導標準化服務機構開展標準化服務工作；承擔技術性貿易措施有關工作；負責全市組織機構統一社會信用代碼和商品條碼管理；負責全市標準化執法工作的業務指導；承擔法律法規規定由市場監督管理部門負責的計量行政審批事項；負責協調行政審批事項的檢驗、檢測相關工作。
（十三）知識產權科。負責擬訂市知識產權戰略和知識產權強市建設的規劃計劃、政策措施并組織實施；承擔知識產權計劃項目的綜合管理工作；擬訂鼓勵商標、專利、地理標志、集成電路布圖設計等知識產權申請和注冊登記的政策措施并組織實施負責馳名商標推薦和地理標志管理相關工作；承擔知識產權統計分析工作；承辦涉外知識產權事宜的統籌協調和知識產權工作的對外聯絡、合作交流；研究國內外知識產權發展動態；擬訂知識產權人才培養規劃計劃、政策措施并組織實施；組織開展各類知識產權專業人才培養；組織開展知識產權宣傳；承擔市知識產權和商標戰略實施工作領導小組辦公室的日常工作；承擔知識產權保護體系建設相關工作；負責對商標專利執法工作的業務指導和監督檢查，組織落實商標權、專利權確權和侵權判斷標準以及商標專利執法的檢驗、鑒定和其他相關標準；依法保護特殊標志官方標志；組織指導知識產權爭議處理、維權援助和糾紛調處；負責知識產權信用管理工作；參與知識產權行政應訴工作；負責擬訂促進知識產權服務業發展和培育知識產權密集型產業的規劃計劃、政策措施并組織實施；承擔知識產權公共服務體系建設工作，推動商標、專利、地理標志、集成電路布圖設計等知識產權信息的傳播和利用；負責監督管理商標、專利等知識產權服務機構；承擔知識產權運營服務體系建設工作；指導知識產權金融服務工作；規范知識產權無形資產評估工作；組織實施商標品牌專利等知識產權獎勵制度；組織實施專利導航和知識產權風險預測預警工作；指導產業集群品牌培育基地和知識產權密集型園區建設；指導企事業單位知識產權工作，培育知識產權密集型企業；組織實施知名商標品牌、高價值專利和地理標志培育工作；指導知識產權管理標準化工作；指導知識產權軍民融合工作。
（十四）監管協調科（市場監管12315投訴舉報中心）。組織市場監督管理輿情監測、分析和協調處置工作；承擔和指導“12315”的咨詢、申訴、舉報的受理、轉辦、處置、督辦及信息的匯總、分析、管理、使用工作；負責市政府12345、數字化城管平臺轉辦任務的分流、督辦、處理反饋等工作。
（十五）執法稽查科。擬訂并組織實施全市市場監管綜合行政執法及稽查辦案的制度措施；負責統籌協調全系統市場監管綜合行政執法工作；組織、指導查處市場主體準入、生產、經營、交易中的違法行為；組織查處和督辦大案要案，協調跨區域案件查處工作；負責全系統市場監管綜合行政執法和案件查辦工作的業務指導；依據委托承擔本市和指定區域的反壟斷執法工作；協助對啟東范圍內的經營者集中行為及其影響進行調查和提出意見；協助指導本市企業的反壟斷應訴。
（十六）安全生產監管科。牽頭擬訂本部門、本行業落實安全生產責任制和相關法律法規的工作規劃；指導本部門、本行業安全生產綜合監管工作；組織開展本部門、本行業安全檢查和專項檢查；參與各類安全生產事故調查工作；綜合協調本部門、本行業安全生產工作等。